ยาทุกตัวย่อมมีทั้งคุณและโทษควบคู่อยู่ด้วยเสมอ ในการใช้ยาจึงต้องใช้อย่างรู้เท่าทันว่ายาแต่ละตัวออกฤทธิ์อย่างไร, ใช้ขนาดเท่าไหร่, นานเท่าไหร่ และอาจมีโทษอะไรได้บ้าง ถ้าหากไม่จำเป็นจริงๆ ไม่ควรใช้ยาอย่างพร่ำเพรือ

อันตรายของยา อาจเกิดจากสาเหตุดังต่อไปนี้
1. การใช้ยาเกินขนาด (Overdosage toxicity) เช่น
        - กินแอสไพริน ขนาดมาก ๆ ทำให้เกิดภาวะเลือดเป็นกรด (Acidosis) ถึงตายได้
        - กินพาราเซตามอลขนาดมาก ๆ อาจทำลายตับ เกิดภาวะตับวายเฉียบพลันถึงตายได้
2. ผลข้างเคียงของยา (Side effect) ยาทุกตัวจะมีผลที่ไม่เป็นคุณหรือเป็นโทษ อยู่ควบคู่กับประโยชน์ของตัวยาเสมอ เช่น
        - ทำให้ระคายเคืองต่อกระเพาะ (กัดกระเพาะ) เป็นโรคกระเพาะ/แผลเพ็ปติกได้ เช่น ยาแอสไพริน , ยาต้านอักเสบที่ไม่ใช่สเตอรอยด์(NSAID) , สเตอรอยด์(Steroid) , รีเซอร์พีน(Reserpine)
        - ทำให้หูหนวก เสียการทรงตัว หรือเป็นพิษต่อไต เช่น สเตรปโตไมชิน(Streptomycin), คานาไมซิน (Kanamycin) ทำให้เกิด
        - ภาวะเม็ดเลือดขาวต่ำ (Agranulocytosis) เช่นไดไพโรน(Dipyrone), เฟนิลบิวตาโซน( Phenylbutazone ), ยารักษาคอพอกเป็นพิษ
3. การแพ้ยา (Drug allergy หรือ Drug hypersensitivity) อาการแพ้ยาเป็นสิ่งที่พบได้บ่อย โดยเฉพาะในคนที่มีประวัติแพ้ยาชนิดใดชนิดหนึ่งมาก่อน และคนที่มีประวัติของโรคภูมิแพ้ (เช่น หืด, หวัดเรื้อรัง, ลมพิษ, ผื่นค้น) จะมีโอกาสแพ้ยามากกว่าคนทั่วไป ดังนั้นในการใช้ยาจึงควรระมัดระวังในเรื่องนี้ให้มาก ไม่ควรใช้อย่างพร่ำเพรือ หรือใช้เกินความจำเป็น
4. การดื้อยา (Drug resistance) มักจะเกิดกับยาปฏิชีวนะที่ใช้กันอย่างผิด ๆ
5. การใช้ยาในทางที่ผิดและการติดยา (Drug abuse และ Drug dependence) เช่น
        - การติดยามอร์ฟีน, เฮโรอีน, ยากระตุ้นประสาท-แอมฟีตามีน (ยาม้า, ยาขยัน)
        - การใช้ยาปฏิชีวนะเป็นยาลดไข้
        - การใช้สเตอรอยด์เป็นยาลดไข้ หรือยาลดความอ้วน
6. ปฏิกิริยาต่อกันของยา (Drug interaction) เกิดขึ้นเมื่อให้ยาเข้าไปในร่างกายมากกว่า 2 ตัวขึ้นไป พร้อมกัน ซึ่งอาจจะเสริมฤทธิ์กัน ทำให้มีผลในการรักษามากขึ้น หรือทำให้ฤทธิ์ยาแรงขึ้น หรือต้านฤทธิ์กัน ทำให้ผลการรักษาลดน้อยลงไป เช่น
        - แอลกอฮอล์ (เหล้า, เบียร์) ถ้ากินพร้อมกับยานอนหลับ, ยาแก้แพ้ จะช่วยเสริมฤทธิ์การนอนหลับมากขึ้น
        - แอลกอฮอล์ ถ้ากินพร้อมกับแอสไพริน (Aspirin) จะเสริมฤทธิ์การระคายเคืองต่อกระเพาะอาหาร
7. การตอบสนองต่อยาในคนที่มีความผิดปกติทางกรรมพันธุ์ เช่น คนที่มีภาวะพร่องเอนไซม์จี-6-พีดี ซึ่งเกิดจากกรรมพันธุ์ ถ้ากินแอสไพริน(Aspirin) คลอแรมเฟนิคอล(chloramphenicol) ฟูราโซลิโดน(Furazolidone) ควินิน(quinine) ไพรมาควีน(primaquine) อาจทำให้เกิดโลหิตจางจากเม็ดเลือดแดงแตกได้ คนที่เป็นโรคเก๊าท์ ถ้ากิน ไทอาไซด์(thiazaide) หรือแอลกอฮอล์(เหล้า เบียร์) ก็อาจทำให้โรคกำเริบได้ คนที่เป็นเบาหวาน ถ้ากินสเตอรอยด์(Steroid) ไทอาไซด์(thiazaide) หรือยาเม็ดคุมกำเนิด ก็อาจทำให้น้ำตาลในเลือดสูงได้