ยุทธศาสตร์ที่ 1 การพัฒนาประสิทธิภาพการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรค
ยุทธศาสตร์ที่ 2 การพัฒนาการจัดการภาวะฉุกเฉินทางสาธารณสุข
ยุทธศาสตร์ที่ 3 การยกระดับโครงสร้างพื้นฐานของระบบป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ
ยุทธศาสตร์ที่ 4 การปรับปรุงระบบการบริหารจัดการและการพัฒนาความร่วมมือ
ยุทธศาสตร์ที่ 5 การพัฒนากําลังคนด้านการป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ