กองโรคจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม (กองฯ) มีพันธกิจหรือหน้าที่และอำนาจตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2562 หน้า 6 ข้อ 14 ดังนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และพัฒนาองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการเฝ้าระวัง ป้องกันและควบคุมโรคและภัยที่คุกคามสุขภาพจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม
2. กำหนดและพัฒนามาตรฐานเกี่ยวกับหลักเกณฑ์ และรูปแบบการดำเนินงานเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคและภัยที่คุกคามสุขภาพจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม ตลอดจนการดำเนินการตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง
3. ถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคและภัยที่คุกคามสุขภาพจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม ให้แก่หน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และประชาชน
4. ประสานและสนับสนุนการพัฒนาระบบ กลไก และเครือข่ายในการเฝ้าระวัง ป้องกันและควบคุมโรคและภัยที่คุกคามสุขภาพจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม
5. ประสานการพัฒนาองค์ความรู้ด้านการตรวจ วินิจฉัย และการรักษาโรคและภัยที่คุกคามสุขภาพจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงาน ของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย