ย้อนอดีตไปก่อนปี 2545 ในช่วงเวลานั้นกรมควบคุมโรคในปัจจุบันใช้ชื่อว่า “กรมควบคุมโรคติดต่อ” ซึ่งดำเนินงานเฝ้าระวัง ป้องกันควบคุมเฉพาะโรคที่มีการติดต่อ และมีสำนักงานควบคุมโรคติดต่อเขต 1 รับผิดชอบพื้นที่ 6 จังหวัดภาคกลาง

     ในปี 2545 มีการปฏิรูประบบราชการ กรมควบคุมโรคติดต่อได้เปลี่ยนชื่อเป็น “กรมควบคุมโรค” และสำนักงานควบคุมโรคติดต่อเขต 1 ได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 1 กรุงเทพฯ ซึ่งมีภารกิจรับผิดชอบทั้งงานโรคติดต่อและงานโรคไม่ติดต่อ ในขณะนั้นมีพื้นที่รับผิดชอบในการเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ 3 จังหวัด คือ จังหวัดนนทบุรี ปทุมธานี และพระนครศรีอยุธยา ส่วนพื้นที่กรุงเทพมหานครนั้น มีการร่วมดำเนินงานในบางประเด็น เช่น การสอบสวนและควบคุมโรคที่เป็นปัญหาขนาดใหญ่ อาทิ โรคอาหารเป็นพิษ โรคไข้เลือดออก การพัฒนาทีม SRRT เป็นต้น

     ในปี 2558 เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2558 กระทรวงสาธารณสุขได้มีคำสั่งกำหนดเขตสุขภาพออกเป็น 13 เขต กรมควบคุมโรคจึงได้มีคำสั่งจัดตั้งสำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 13 กรุงเทพขึ้นเป็นการภายใน เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2558 โดยให้สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 13 กรุงเทพ ปฏิบัติงานสนับสนุนเขตสุขภาพที่ 13 กรุงเทพมหานคร เพียงแห่งเดียว

     ในปี 2559 ได้จัดตั้งสถาบันป้องกันควบคุมโรคเขตเมือง ขึ้นเมื่อวันที่ 21 เมษายน 2559 เนื่องจากในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมาประเทศไทยมีการเจริญเติบโตของเขตเมืองอย่างรวดเร็วและต่อเนื่อง ไม่ได้จำกัดอยู่เฉพาะกรุงเทพมหานครอีกต่อไป ความเป็นเมืองขยายออกไปทั่วประเทศตามจังหวัดต่างๆ การพัฒนาความเป็นเมืองที่มากขึ้นทำให้เกิดการย้ายถิ่นฐานของประชากรทั้งคนไทยและคนต่างด้าว อีกทั้งประเทศไทยเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญที่มีนักท่องเที่ยวเดินทางเข้ามาท่องเที่ยวในประเทศเพิ่มมากขึ้น ซึ่งอาจก่อให้เกิดการแพร่กระจายของเชื้อโรคติดต่ออันตรายได้อย่างรวดเร็วหากระบบเฝ้าระวังควบคุมโรคไม่เข้มแข็งพอ กรมควบคุมโรคจึงได้ตระหนักถึงแนวโน้มปัญหาด้านสุขภาพที่จะเกิดขึ้นในอนาคต จึงได้จัดตั้งสถาบันป้องกันควบคุมโรคเขตเมืองขึ้น โดยมุ่งหวังให้เป็นสถาบันที่ดูแลสุขภาพของคนเมือง พัฒนานโยบาย ระบบและวิจัยรูปแบบสุขภาพเขตเมืองที่ได้มาตรฐาน ในเบื้องต้นได้มีการพัฒนารูปแบบการดูแลสุขภาพของชุมชนเมืองที่มีความหลากหลายและในอนาคตสถาบันแห่งนี้จะพัฒนาให้เป็นศูนย์เฝ้าระวังกักกันผู้สัมผัสโรคติดต่ออันตราย และศูนย์การเรียนรู้เพื่อการเฝ้าระวังป้องกันและควบคุมโรคเขตเมือง ต่อไป