กลุ่มงานจริยธรรม เป็นองค์กรชั้นนำที่ทำหน้าที่รับผิดชอบด้านการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และต่อต้านการทุจริตของกรมควบคุมโรค โดยปฏิบัติภารกิจตามที่กำหนดในกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมควบคุมโรค พ.ศ. 2562 ดังนี้

1) เผยแพร่ ปลูกฝัง ส่งเสริม ยกย่องข้าราชการที่เป็นแบบอย่างที่ดี และติดตามสอดส่องการปฏิบัติตามประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือนอย่างสม่ำเสมอ

2) ทำหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการจริยธรรมประจำส่วนราชการ

3) เสนอแนะแก่หัวหน้าส่วนราชการเกี่ยวกับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ รวมทั้งจัดทำแผนปฏิบัติการด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ ให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และนโยบายของรัฐบาลที่เกี่ยวข้อง

4) ดำเนินการเกี่ยวกับข้อร้องเรียนเรื่องทุจริต การปฏิบัติหรือการละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบในส่วนราชการ

5) ติดตาม ประเมินผล และจัดทำรายงานด้านการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และต่อต้านการทุจริตของส่วนราชการ เสนอหัวหน้าส่วนราชการและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

7) ดำเนินการอื่นตามที่กำหนดในประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือน หรือตามที่หัวหน้าส่วนราชการ คณะกรรมการจริยธรรม หรือ ก.พ. มอบหมาย