ยุทธศาสตร์ที่ 1 พัฒนา เสริมสร้างความเข้มแข็ง ระบบเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 2 พัฒนาระบบบริหารจัดการองค์กรและศักยภาพบุคลากร

ยุทธศาสตร์ที่ 3 พัฒนาองค์ความรู้ นวัตกรรม ระบบสารสนเทศและเทคโนโลยี ด้านการเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 4 พัฒนาและสนับสนุนเครือข่ายในการเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 5 สนับสนุนการบังคับใช้กฎหมายที่จำเป็นต่อการเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 6 สื่อสารความเสี่ยง และความรอบรู้ด้านโรคและภัยสุขภาพ