ยุทธศาสตร์ที่ 1 พัฒนาเสริมสร้างความเข้มแข็งระบบเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 2 พัฒนาและสนับสนุนเครือข่ายในการเฝ้าระวังป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 3 พัฒนาองค์ความรู้ วิจัยนวัตกรรม ระบบสารสนเทศและเทคโนโลยี ด้านการเฝ้าระวัง 

                  ป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 4 สนับสนุนการพัฒนาหลักเกณฑ์ รูปแบบ และติดตามประเมินมาตรฐาน กลไกด้านการเฝ้าระวัง

                  ป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพและการบังคับใช้กฎหมาย

ยุทธศาสตร์ที่ 5 สื่อสารความเสี่ยง และเสริมสร้างความรอบรู้ด้านการป้องกันควบคุมโรคและภัยสุขภาพ

ยุทธศาสตร์ที่ 6 พัฒนาระบบบริหารจัดการองค์กรและศักยภาพบุคลากร